ნიკოლოზ საინიშვილმა თბილისის სახელმწიფო სამედიცინო ინსტიტუტი დაამთავრა, რის შემდეგაც რეზიდენტურა ტრავმატოლოგიის, ნეიროქირურგიისა და რადიოლოგიის მიმართულებებით გაიარა. 2005 წელს მან მედიცინის დოქტორის წოდება მიიღო.
წლების განმავლობაში ის თბილისის სხვადასხვა სამედიცინო დაწესებულებაში სხვადასხვა პოზიციაზე მუშაობდა. იკავებდა როგორც ნეიროქირურგის პოზიციას არაერთ კლინიკაში, ასევე ხელმძღვანელობდა რადიოლოგიის განყოფილებას რამდენიმე ჰოსპიტალში.
დღეს ნიკოლოზ საინიშვილი კავკასიის მედიცინის ცენტრში მაღალტექნოლოგიური კვლევების ცენტრის ხელმძღვანელია. ასევე, ის გახლავთ ევექსის ჰოსპიტალური ქსელის ონკოლოგია/ჰემატოლოგიის სამედიცინო ექსპერტთა საბჭოს აქტიური წევრი.